После обретения независимости Республика Таджикистан, как полноправный член мирового сообщества, признала повседневную и насущную необходимость борьбы с коррупцией, считая её одним из основных направлений своей внутренней и внешней политики. В этом направлении были предприняты эффективные меры для предотвращения и искоренения коррупции в обществе.

В частности, Указом Президента Республики Таджикистан от 4 мая 1995 года №222 была создана Налоговая полиция.

Наряду с этим, Указом Президента Республики Таджикистан от 30 мая 2001 года №590 Управление государственного финансового контроля при Президенте Республики Таджикистан было преобразовано в Комитет государственного финансового контроля Республики Таджикистан.

С целью организации борьбы с коррупцией и принятия необходимых мер на национальном уровне был принят ряд нормативных правовых актов, сформирована национальная правовая доктрина в этой области. Указом Президента Республики Таджикистан от 21 июля 1999 года №1262 «О дополнительных мерах по усилению борьбы с преступностью в сфере экономики и коррупцией (взяточничеством)» был принят Закон Республики Таджикистан «О борьбе с коррупцией» от 10 декабря 1999 года, а затем 25 июля 2005 года этот закон был принят в новой редакции с учётом международных обязательств.

В 2006 году, после принятия Республикой Таджикистан Конвенции Организации Объединённых Наций против коррупции, страна взяла на себя обязательство привести своё законодательство в соответствие с данной Конвенцией и создать специализированный орган по борьбе с коррупцией.

Для выполнения международных обязательств и реформирования государственного управления, формирования прозрачной системы деятельности органов управления, экономного и эффективного использования бюджетных средств, а также обеспечения устойчивого экономического, социального и культурного развития Республики Таджикистан, Указом Президента Республики Таджикистан от 10 января 2007 года №143 Налоговая полиция и Комитет государственного финансового контроля Республики Таджикистан, ранее действовавшие как органы по борьбе с коррупцией, были упразднены, и был создан специализированный орган по борьбе с коррупцией — Агентство по государственному финансовому контролю и борьбе с коррупцией Республики Таджикистан.

Для регулирования деятельности Агентства и определения преступлений коррупционной направленности 20 марта 2008 года был принят Закон Республики Таджикистан «Об Агентстве по государственному финансовому контролю и борьбе с коррупцией Республики Таджикистан», а Постановлением Правительства Республики Таджикистан от 7 сентября 2007 года №414 были утверждены «Инструкция по статистическому учёту преступлений коррупционной направленности и перечень таких преступлений». В ряд отраслевых законодательных актов были внесены соответствующие изменения и дополнения для их приведения в соответствие с нормативными правовыми актами в сфере борьбы с коррупцией.

С целью принятия комплексных организационных, социально-экономических мер, координации деятельности государственных органов и участия гражданского общества в процессе борьбы с коррупцией Постановлением Правительства Республики Таджикистан от 26 января 2008 года №34 была утверждена Стратегия борьбы с коррупцией в Республике Таджикистан на 2008–2012 годы.

Одновременно принятие Указа Президента Республики Таджикистан от 30 апреля 2010 года №864 «О дополнительных мерах по усилению противодействия коррупции в Республике Таджикистан» и Постановления Правительства Республики Таджикистан от 2 сентября 2010 года №431 «Об утверждении Плана мероприятий по обеспечению выполнения дополнительных мер по усилению противодействия коррупции в Республике Таджикистан на 2010–2012 годы» как краткосрочного государственного документа в дополнение к Стратегии стало логическим продолжением её основных положений, придав значительный импульс совершенствованию антикоррупционной политики.

С целью организации и реализации комплексных мер по предотвращению и противодействию коррупции в Республике Таджикистан, устранения причин и условий, способствующих коррупции, а также широкого вовлечения гражданского общества в борьбу с коррупцией Указом Президента Республики Таджикистан от 14 декабря 2010 года был создан Национальный совет по противодействию коррупции Республики Таджикистан как общенациональный консультативный орган, координирующий деятельность государственных органов и привлекающий гражданское общество для реализации мер по предотвращению и противодействию коррупции.

В соответствии с пунктом 63 Концепции прогнозирования развития законодательства Республики Таджикистан, утверждённой Указом Президента Республики Таджикистан от 19 февраля 2011 года №1021, с учётом завершения реализации упомянутой Стратегии, объективной необходимости продолжения деятельности в данном направлении, а также укрепления последовательного движения в области комплексного противодействия коррупции была разработана Стратегия противодействия коррупции в Республике Таджикистан на 2013–2020 годы.

Стратегия противодействия коррупции в Республике Таджикистан на 2013–2020 годы как программный документ среднесрочной перспективы политики Республики Таджикистан в области противодействия коррупции направлена на снижение уровня и интенсивности коррупции в стране и реализуется в сотрудничестве между государственными органами и гражданским обществом в соответствии с международными стандартами и в партнёрстве с авторитетными международными и региональными организациями.

Руководство Агентства по государственному финансовому контролю и борьбе с коррупцией Республики Таджикистан с 2007 по 2009 годы осуществлял Салимзода Шерхон Одина, с 2009 по 2015 годы — Абдуфаттохи Гоиб, с 2015 по 2017 годы — Рустами Эмомали, а с 2017 года по настоящее время — Султонзода Сулаймон Саид.

На основании Закона Республики Таджикистан «О внесении изменений в Закон Республики Таджикистан «О праздничных днях» 10 января каждого года отмечается как День работников Агентства.